医院占地面积11760平方米，建筑面积25600平方米，床位设置300张。设内、外、妇产、骨伤、中医等九个病区,有装备一流、环境幽雅的“综合病房”为内外宾提供全程优质服务。日门诊可容纳2000人次, 设临床医技科室23个。
医院中医科是北京市中医局批准的首批“示范中医科”之一。中医科有独立的病区28张床，5个专科门诊，有7名副主任医师以上专家和完整的人才梯队;有在牛街地区享誉盛名的回族老中医杨大奇和中医治疗脉管炎的专家;有开展中医治疗重症肌无力特色门诊，有针灸、推拿、中药、药浴、熏蒸等多项综合诊疗法。
医院拥有现代化的高压氧及多个常规诊断治疗的西医专科专台，有ct机、1000max光机、cr型机、c型臂机、钼钯乳腺x光机、数字化胃肠机、眼科a、b超、曲率仪、视野机、全自动生化分析仪、血气分析仪、心导管、icu、ccu监护系统等现代医疗诊断治疗设备。
医院拥有ct机、高压氧舱、心脑彩超、多功能b超、血液透析机、碎石机、骨关节镜、胃镜、全自动生化分析仪、血气分析仪、心导管、icu、ccu监护系统等现代化医疗诊断治疗设备。能开展针对心、脑血管病的溶栓治疗，外科的门静脉分流术、食道癌、前列腺手术、人工股骨头置换术，妇科腹式、阴式子宫切除术，眼科人工晶体植入术等。
北京市回民医院作为中国与世界各国往来的窗口，经穆斯林国家开展学术交流并提供医疗服务，医院配有穆斯林营养师，设有“割礼”专台门诊、穆斯林沐浴、礼拜堂等设施，被卫生部指定为对外重点服务的医疗单位之一，是首都精神文明先进单位，是首都民族团结时步模范单位。